天啓二年八月，鄭芝龍所部中華軍及華人民兵總計6000餘人，經過一個月的戰鬥實際上是一路燒殺破壞，終於與南洋艦隊以及臺灣艦隊南洋分遣隊在北大年海岸邊會合了.此時的海面上共計有中華軍海軍的兩艘三桅戰列艦，十餘艘縱帆戰艦、十餘艘福船炮艦，近百艘各種輔助船隻。
北大年女王一路被押解北上，親眼見到沿途馬來人村寨城鎮都被付之一炬，無數的土著百姓被殺，無數土著百姓成了俘虜。在中華軍北上行進隊伍的兩側，幾十裏範圍內幾乎被華人民兵搞成了無人地帶。
在柔佛境內，柔佛蘇丹馬未沙二世組織他所剩無幾的部隊抵抗，結果遭到鄭芝龍部和南中國海方向麥大海海軍艦隊的夾攻。
這個柔佛蘇丹國的歷史和華人密切相關，是鄭和支持下建國的馬六甲蘇丹王朝的直接傳人。在1511年馬六甲被葡萄牙人佔領後，蘇丹馬末沙逃至柔佛民丹島，建立了柔佛王朝。蘇丹馬末沙企圖從葡萄牙人的手中奪回馬六甲。葡萄牙人終於在1526年從印度果亞派遣艦隊攻擊並摧毀了民丹島，蘇丹馬末沙倉皇逃到蘇門答臘甘帕（kampar）並於1528年駕崩。其長子蘇丹阿拉烏丁二世（sultanalauddinriayatshahii）繼承遺志創建具馬六甲王室血統的柔佛王朝（亦有史冊認爲蘇丹馬末沙爲柔佛王朝創始人），定都舊柔佛（馬來語：johorlama），實行伊斯蘭教義爲主的政教合一政體；其兄弟蘇丹穆沙法沙（sultanmuzaffarshah）則遠赴霹靂建立新王朝。
柔佛王朝除了要應付葡萄牙，還得對付蘇門答臘北方的勁敵-亞齊。
三方之間互相攻伐，多是柔佛王朝佔下風。1564年，亞齊人攻擊柔佛，柔佛國受到洗劫，蘇丹阿拉烏丁二世也被擄走，隨後在亞齊被殺。其後五十年內，柔佛多次發生國都遭亞齊焚燬、蘇丹遭擄殺的屈辱事件。柔佛曾經控制了柔佛、廖內與蘇門答臘的一部分，在第二次南洋大戰後，中華軍奪佔馬六甲時，柔佛蘇丹只能管轄馬來半島最南端的那塊土地了。
這一次柔佛蘇丹國由於跟着亞齊**，迎來了又一次洗劫。這一回浩劫，柔佛王朝的王室成員也沒能逃脫。蘇丹馬未沙二世親自帶兵抵抗中華軍，在柔佛城外被中華軍艦隊炮火打死；大王子易普拉幸在馬六甲圍城戰的最後一天被俘虜，二王子在麥大海的臺灣陸戰隊用轟天雷臼炮轟炸王宮時被炸死。
鄭芝龍的部隊非常痛恨柔佛人的背叛，因爲很多馬六甲守備團的士兵就在本地置業，他們的財產損失很大，最大的禍首就是土匪一般的柔佛軍隊。因此，鄭芝龍以追查逃亡中的柔佛首相爲理由，下令對柔佛進行徹底搜查後，他的直屬部隊和民兵對柔佛進行了一次徹底地洗劫和屠殺，一場大規模的種族清洗。他們任意闖入土著居民家中燒殺搶掠，或者在當地華人帶路下闖入貴族領主家中抄家。遇到抵抗的地主貴族，馬六甲守備團士兵就用大炮說話，連人帶房子轟成碎片。只有那些與華人華僑關係不錯的柔佛商人得以躲過一劫他們躲入了那些華人富商家中，或者躲在了中華商館內。
在這一次馬來人**之亂中，柔佛的華人受到了財產損失，中華商館被柔佛蘇丹衛隊搶掠一空，不過，華人們的人身安全並沒有受到侵害，基本上沒有人被殺。因此，在鄭芝龍部隊開始全城洗劫時，一些柔佛人就得到了華人們的保護，得以倖免與難。
長時間屠殺後，到當晚後半夜，民兵們首先開始嫌麻煩--開槍射殺、刺刀挑死、砍刀砍死這些毫無反抗的人實在太麻煩。一些華人民兵組織（主要成員爲前海盜分子的）將大羣土著人不分男女老少捆在一齊，形成一長串人鏈，強行帶到海邊後，民兵們把大捆的手雷點燃後拋入人羣，活活將人羣炸成血肉模糊的一堆堆屍體。
火光在柔佛城內徹夜不熄，被殺死的柔佛土著拋屍路邊，上萬具屍體彙集起來的血水，在早晨的陽光下，染紅了柔佛海灘。
麥大海指揮的艦隊一部分來自臺灣艦隊，一部分隸屬南洋艦隊，只是馬六甲成爲南洋艦隊主基地才一年，他們原先駐紮在雅加達和馬尼拉。因此，中華軍海軍方面對柔佛沒有什麼私仇。他們對馬六甲守備團及民兵們的行爲非常喫驚。麥大海派人連夜上岸，好不容易在刀光血海的柔佛王宮內找到了鄭芝龍。他警告鄭芝龍，柔佛國內很多土著商人和中華公司有貿易聯繫，鄭一官想報仇雪恨，可以！但是不要因此損害了公司的利益。
這時，鄭芝龍的舅父黃逞被牽連進朝廷內奸案一事，尚未傳到馬六甲。
船主大王大舅子的面子，鄭芝龍還是要顧着一點的。他自己也覺得，這場大清洗搞得有點過火了。畢竟，憑他自己手頭的部隊，不可能清除掉所有土著。在事情平定後，這些土著依然是華人莊園、工廠的勞動力，還會是馬六甲鎮守府的徵稅對象。鄭芝龍忽然覺得自己可能犯了錯誤，趕緊下令在全柔佛範圍內結束大搜捕。
但是，此刻那些殺紅了眼華人民兵已經無法壓制自己的慾望，連中華軍馬六甲守備團某些部隊也參加了大規模屠殺搶掠行動。派出去宣佈命令、重申軍紀的監軍部人員，甚至也參加了搶劫和屠殺。
鄭芝龍花了整整兩天時間來收拾局面。
依靠海軍部隊的監軍部人員，以及麥大海從艦隊派來的五百陸戰隊士兵，鄭芝龍總算恢復了柔佛城及周邊地區的秩序。他處死了幾名開拓團民兵的小頭目，公開責打了十幾名民兵頭目的屁股。但是，鄭芝龍以戰時需要爲理由，阻止軍法官調查參與搶劫屠殺的中華軍軍官，馬六甲守備團中沒有任何人受到軍法懲治。
在柔佛停留了五天後，鄭芝龍所部開始繼續北上。麥大海的海軍艦隊在前一天已經拔錨啓航，北上北大年沿海。
北大年傳說的開國君主是一個女王，以後這個伊斯蘭教徒居多的小邦國就經常出現女王。從13世紀開始，北大年就臣服於暹羅素可泰王朝,繼又臣服於阿瑜陀耶王朝。除朝貢外，內政仍獨立，曾嚮明朝朝貢，明朝稱其爲大泥。在大明朝眼中，大泥是屬國暹羅的附庸國，屬孫子輩的，所以並不加以重視。嘉靖、隆慶年間許多中國海盜在國內混不下去，就跑碼頭來到北大年。比如著名大海盜曾一本就曾經來到北大年，信了伊斯蘭教後成了本地的海關總長，還爲北大年女王鑄造大炮。這一次南洋馬來人**叛亂，這些大炮有幾門就被用來攻打華人駐守的馬六甲城了。
因爲國內有了很多華人助陣，因此每逢暹羅勢弱，北大年就會企圖自立。
北大年是東西航程之要衝，宋代就與中國、印度有通商往來，華人流寓者甚多。16世紀以前，由中國的帆船長途運載陶瓷器和絲綢等貨物，來自印度的紡織品，以及北大年附近各國的胡椒、黃金等其他土產雲集於此，互相交換。當地商人把貨物輸送到爪哇、蘇門答臘和蘇拉威西的望加錫等地。
西方與北大年通商以葡萄牙人爲先導，荷蘭、英國商人接踵而至。1601年荷蘭聯合東印度公司在此設立第一個商館，1612年英國東印度公司商船也到此通商，並設商館。第二次南洋大戰後，中華軍強行將葡萄牙和英國的商館趕出了北大年，近年來中華公司在東南亞獨大，壟斷東西方貿易。北大年人因此妒忌華人，這一回的南洋馬來**叛亂初起之時，北大年就已經蠢蠢欲動。
北大年名義上的宗主國暹羅，在幾年前也沒想過和中華公司作戰。第二次南洋大戰之前，葡萄牙人、荷蘭人、英國人的商館在大城府和中華商館比肩而立，貿易繁榮，稅收年年增加。這時，中華公司還沒有實力完全控制泰國灣。
而這幾年一來，中華公司控制了馬六甲海峽，只有葡萄牙人才能進入馬六甲海峽以東地區進行貿易。因此，大城府的荷蘭人、英國人被中國人趕走了。所有海外貿易全由中華商館和葡萄牙人兩家壟斷，暹羅人被打壓貨物價格，喫虧不小。現在，暹羅只能在馬來半島西北端、馬六甲海峽的印度洋這一面，也就是另一時空的旅遊聖地普吉島沿海地區與西洋白人做一些生意。由於此地距大城府足有千裏，交通不便，貿易情況很不理想。
同一時期，暹羅的死敵--緬甸由於面臨印度洋，中華公司還無力壟斷印度洋海上貿易，因此緬甸王國成了歐洲人眼中的黃金寶地。大批歐洲人進入緬甸沿海，緬甸由此成了轉口貿易的最大收益者。
暹羅人嫉妒到發狂，乘着此次馬來人在南洋大肆鬧事，出錢出武器鼓動北大年人去攻打馬六甲。
北大年在利益受損、嫉妒羨慕恨之中受到背後宗主國老大挑唆，立刻舉起了反中華公司的大旗。在亞齊出兵馬六甲城的消息傳來後，北大年女王立刻發兵攻打本地中華商館。猝不及防的北大年中華商館被立刻攻下，數十名商館護衛隊成員被殺。商館內所有華商被抓，所有財物被劫掠一空。
然後，北大年女王得到了暹羅國的獎勵，一批暹羅出產的火繩槍和彈藥。再然後，北大年女王親自帶隊出發，南下攻打馬六甲城。
最後，北大年女王帶着全軍向中國人投降，她自己被當作俘虜，一路上被困在一輛毛驢拖拉的囚車中，一路顛簸回到了北大年。