熊廷弼再次清醒過來時，看到一羣帶着練字號的號服的兵丁正在把他拖出神策門甕城的瓦礫堆.他辨認出這是剛成立沒多久的金陵團練兵。
他的右肩可能是骨折了，整隻手臂無法用力；他用左手抓住一名團練，焦急地說：“誰在領兵？神策門現在是誰在領兵？”
“熊大人，你無恙吧？”兵部尚書吳工亮的聲音就在他身邊響起。
熊廷弼顧不得禮節，抓住吳工亮的袍袖，厲聲道：“快，在神策門周邊築月城，海寇馬上就要破城了！”
“你看”吳工亮讓開身子，指着前方：神策門甕城周圍，一羣羣官軍士兵正在拆除周邊街坊的房屋，沿着甕城外圍修築一道臨時的壘牆。
“已經在趕築內城，怕是來不及了本兵（明朝兵部尚書常自稱‘本兵’）已經將城東城西的部隊抽調大半，正在往此處趕來。”
熊廷弼嘆了一口氣，頹然地坐在瓦礫地上：“吳大人，海寇非烏合之衆、也非等閒之徒，大人，沒有援軍，我們守不了多久的！”
他話音未落，一聲驚天動地的巨響，所有甕城周圍的兵丁、官員、百姓都感覺到了腳下一陣抖動一股巨大的黑色煙雲猛然從神策門下騰起，所有的人抬頭看去，見神策門居然搖搖晃晃了一陣，整體下坐，足足矮了一大截，而且往北面傾斜了不少。但是，神策門還是巍然屹立
此刻，尹峯正在幕府山上舉着望遠鏡觀察着特種營工兵戰士爆破神策門。
見硝煙瀰漫稍稍散去後，那神策門依舊還屹立在哪裏，他不由地頓足而嘆：“爆炸威力還是不足啊！這神策門居然如此堅固，800斤黑火藥都轟不掉”
徐鴻基搖着頭道：“當年太祖築金陵城，用了數萬塊上千斤的條石，真的是固若金湯啊！城牆牆基用條石鋪砌，牆身用城磚壘砌兩側外壁，中實雜土，唯有城門是全由石磚砌成。總統領大人，您看，這神策門雖然沒有崩塌，但城門卻是已經歪斜了，再開上幾炮”
他的話還沒說完，一聲巨響，重約4500斤的銅芯鑄鐵攻城巨炮開火了！一陣煙霧閃過，神策門歪斜的包鐵皮城門晃動了幾下，向外分成兩塊倒了下去。
一名特種營上尉快步跑來，向尹峯立正行禮，喘着氣說：“工兵營報告，金陵城牆地基太深太厚，下面埋着大塊的花崗岩條石，火藥用量還是不足，時間也是太急促，沒法往地下深處開挖。他們請求再來一次爆破保證將神策門轟塌”
尹峯搖搖頭，揮了揮手道：“如此看來，如果選擇一段城牆作爲爆破點，可能更加會有效果。算了，本來是爲了減少蟻附攻城的傷亡，現在既然已經轟掉了城門，效果也差不多，算了，讓步軍兄弟由城門口試探着向城內攻擊，注意：避免硬拼，避免重大傷亡。”
少尉剛剛轉過身，尹峯叫住了他：“記住，轉告李星師長，不要被巷戰糾纏，不要戀戰，不要過於深入城區，戰況不利就立刻撤退。”
第三師第七旅的趙剛營長帶着先鋒營率先進入了神策門。他的先鋒營有一半都是參加過呂宋戰役的老兵，非常熟練、配合默契，自動組成兩列隊伍，小心翼翼地通過城門洞，進入了神策門甕城。
神策門甕城被百餘發三十斤以上的開花彈轟擊後，幾乎已成人間地獄。數千明軍士兵橫七豎八躺滿了甕城各處。甕城中心的火藥庫附近形成了一個深達一丈、方圓十餘丈的大坑，坑內與周圍地區全是黑色的，見不到任何活物。
甕城原有的隔牆、巷道、藏兵洞都是有着防禦功能的，如今已經全部被毀，甕城的防禦功能已經被瓦解了。從這一點來看，金陵城內明軍放棄神策門甕城，還算是明智的舉動。
趙剛立刻佔據了歪斜的神策門，向左右兩面城牆上各派出一哨人馬，擴大防禦區並且試探着攻擊其他城門。
他帶着自己的親兵小心地踩過瓦礫堆，來到甕城南門，抬頭向城內一看，不由惱怒地罵道：“他娘地，這官兵的動作還挺快的嗎！”
他回頭對一名傳令兵說道：“你，去報告李師長：敵軍已在甕城外圍修築了臨時月城，原計劃無法執行，請求調派師屬炮兵營助陣！”
當晚，中華軍佔據神策門，但是沒能及時向左右兩翼發展，只佔據了一裏左右的一段城牆；在中華軍第三師第七旅的正面，明軍的新修月城堵住了中華軍突進城內的道路。金陵城內的明軍由於及時明確了指揮系統，確立了吳工亮的統一指揮，總算能夠發揮兵力、人力上的優勢，徵調了全城守軍的一半和南京城北的數萬老百姓，緊急趕在中華軍爆破神策門之前，在城內構築了一道新的防禦工事。
晚間，趙剛的部隊由甕城南門及幾處甕城城牆破口處發起了幾次試探性攻擊。由於炮兵營還沒有趕到，在短距離狹窄的街道上也發揮不了中華軍的火器優勢，加上明軍官兵在兵部尚書吳工亮、軍務參贊熊廷弼身先士卒的督戰下，不要命地拼死抵抗；官兵們把成桶的火藥點着了往中華軍頭上扔，不顧傷亡將一切可以使用的火器都扔了出來。試探了兩次後，先鋒營戰士死傷了七八十人，只好暫時退回甕城和神策門城上，與周圍的明軍形成對峙局面。
幕府山上，尹峯行營內，尹峯聽取了李星派來的傳令兵的報告，拍着桌子嘆息道：“李星也好、葉華也好，作戰還是太死板，得到情報後就應該果斷派人入城。他倆太拘泥於成規和條條框框，非得按部就班的作戰。換上是顏思齊在此，一定會在得知甕城內無人防守後，立刻就投入重兵進城了！而且，我軍完全可以利用熱氣球觀測監視城內明軍的行動，李魁奇卻急急忙忙就把熱氣球放下來了不過，下午的天氣和風向不對，也是個原因”他對徐鴻基道：“我們錯過了擴大戰果的時機了！還好，我們的攻城的目的不是攻下南京城，只不過是要嚇死那些南京城的高官勳貴，好讓他們把周圍的州府衛所的兵全都調過來。算了，讓他們成爲帥才，得一步一步來，急不得”
徐鴻基點點頭道：“帥才也不是誰都能培養出來的，這其中也是得講究天賦的。”
尹峯愣了一下，嘆了口氣：“你說得沒錯，這先天的天賦和後天的努力，都是不可缺少的。我承認，現在中華軍的這些高級軍官，並非是什麼戰略戰術高手，但是他們好在腦子夠靈活，能夠接受新的火器作戰方法，而且能夠遵守軍紀、身先士卒、嚴以律己，僅此幾點，做一個好的軍官是夠了，但是作爲好的將軍，那還是不夠格的。”
他走出臨時搭建的帳篷，看着遠處黑夜裏神策門周圍隱隱約約的火光，沉思片刻道：“明天再打一天，看看城內的明軍能否撐得住。傳令兵！”
尹峯話喊出口，這纔想起自己曾經宣佈過不幹涉葉華他們的具體作戰指揮的，只好無奈地搖搖頭，對閃身出現的傳令兵說道：“算了，沒事了。”
熊廷弼等城內指揮守城的主官，基本一夜未眠。明軍上下全都被今日的戰況震驚了：海寇攻城只用了一日，就能轟塌神策門，衝入甕城，這是什麼樣的戰鬥力？晚間的巷戰中，月城街壘上的明軍官兵被對方的燧發火槍火力完全壓制，每一次向外投擲火藥包、火磚等物，都得付出投擲者自己的生命爲代價。而明軍無論弓箭手還是鳥銃手，射程和射擊速度、射擊精確度都不如中華軍的火槍手。
熊廷弼本能地感到，在中華軍的作戰方式面前，歷代所傳的一些戰術方法、明軍傳統的作戰模式，似乎都已經基本失效了。這中華軍雖然穿着制服與明軍不同，但大多數人和朝廷官軍一樣是說着漢話的中國人，但是爲什麼就會有如此強大而且詭異的能力呢？
還好，中華軍進入神策門的部隊，除了夜間發起了兩次襲擊被擊退外，一直沒有什麼行動。熊廷弼畢竟是五十多歲的人了，在凌晨時分實在撐不住了，靠在北城軍營的一堵牆邊，和衣而臥，睡着了。
明初，南京城內外駐軍約二十萬人，除一部分駐守皇宮和沿江外，大部分軍隊都駐紮在城內西北地區。這裏有大片營房、糧倉、庫房和各種軍匠工場，形成一個獨特的軍事區。如今因爲神策門被攻破，守城明軍大部分也集結在此區域。
“轟轟！”
熊廷弼被一陣爆炸聲驚醒，受傷的右手不小心撞在了牆上，把他徹底疼醒了。他用左手撐着自己疲憊的身子站起身，卻見周圍的官軍兵丁都在四散奔逃。
他的一名親兵連滾帶爬從營門外衝進來，在他面前單膝跪倒道：“吳尚書受傷昏迷，海寇再次攻城他們把大炮搬進城來了！而且，城外那些開花炮彈正在轟擊月城，我們的弟兄死傷慘重！”
“什麼！他們的大炮在城外，居然還能”
熊廷弼大驚失色，抬頭忽地又一次看見了那漂浮在空中的詭異的超大孔明燈。他這時忽然明白了這熱氣球的作用。
“轟！”
北街口正對着神策門甕城的街壘在硝煙中坍塌了，碎石瓦礫飛濺，掃倒了躲在後面的大批明軍官兵，到處是一片慘叫聲。隨即，幾發開花彈的爆炸火焰吞沒了一切，使得整段整段的月城工事坍塌。
甕城南門城洞中，兩門輕型野戰炮開火了，所發出實心炮彈擊毀了北街口的數丈長的一堵牆。同一時期，金川門遭到了那門4500斤重型攻城加農炮的轟擊；玄武湖上，出現了中華軍的百餘艘小艇，數千水手火槍隊向玄武湖對岸的南京城衝去。
在紫金山上，中華軍開炮轟擊了太平門；在南邊的聚寶門外，中華軍第五旅鄭芝龍所部以附屬炮兵部隊的所有火炮，從雨花臺上向聚寶門開火。
水西門、水東門外，水手火槍隊劃着小艇，用艇上的佛郎機炮近距離向南京城水門攻擊，並且連番用霹靂火箭射擊，引起了水東門內秦淮河一帶的大火。
整個南京城忽然之間四面受敵。
其實早晨的戰事是明軍首先發起。數千明軍在東西兩面城牆上向神策門攻擊，同時月城方向也增加了一批鳥銃手，向甕城**擊，和中華軍槍戰。南京的城牆在神策門這段，頂寬不過三丈到五丈，明軍官兵在城牆上最多也就十多人一排擁擠在一齊，揮舞着刀槍向前衝。明軍鳥銃手因爲左右人擠人，根本沒法開火，被人羣推擠着往前衝。神策門兩段的中華軍燧發火槍手則排列成十二人一排，總計十排的陣勢，以典型的西班牙後退裝彈射擊戰術，保持着一分鐘連續十二輪射擊的頻率，硬是靠兩個哨隊的兵力頂住了數千明軍官兵亂哄哄的反攻。
隨後，明軍的攻擊部隊在中華軍熱氣球指導的炮擊下瓦解了。
熊廷弼剛剛趕到神策門附近，就遇上了中華軍向城內發起攻擊，他立刻站在了第一線指揮作戰，揮舞着寶劍四處督戰。他的身形被特種營的狙擊手發現，結果被一發燧發槍子彈擊中右肩，再次昏死過去。失去指揮的明軍在中華軍猛烈火力打擊下，再也撐不住了。昨天的白天和夜間，明軍全靠幾名高級指揮官的身先士卒表率作用，還有城內高官勳貴的重賞下，方纔能頂住中華軍的進攻。如今，軍中的最高指揮官、靈魂人物吳工亮、熊廷弼相繼重傷不省人事，整個部隊立時就陷入了絕望境地。
就這樣，明軍還是撐到中午，中華軍第七旅全數開入城中，沿着城牆向金川門、玄武門進攻，同時也加強了神策門一帶攻擊火力。
明軍終於撐不住了。浙江兵首先逃跑，連帶着南京守備軍也崩潰了，金川門、玄武門、鍾阜門在中華軍第七旅的攻擊下，相繼落入中華軍之手。
到了午後，全城明軍崩潰了，南京城出乎意料地被中華軍攻破了。
實際上，從尹峯開始直到中華軍的普通士兵，全都沒有想到大明朝的留都居然就這樣自我崩潰了。
萬曆四十五年的九月底，由於主要將領、指揮官重傷不能視事，守城明軍在半天內全體崩潰，毫無能力組織抵抗。因此，大明朝留都南京城陷，臺灣海寇攻入城中。